Никон был родом из Нижегородской области и происходил из простой крестьянской семьи. В детстве он показывал замечательные способности и легко научился грамоте у монахов соседнего монастыря. Тогда же полюбил он иноческую жизнь. Однако, по желанно родителей, не поступил в монахи, а принял сан священника и женился.
Несколько лет спустя Никон уговорил свою жену постричься в монахини, после чего и сам был пострижен. После пострижения он удалился сначала на Соловецкие острова, а потом в один из самых уединенных монастырей на р. Онеге, и здесь обратил на себя внимание всей братии строгостью своей жизни и благочестием.
Братия избрала Никона в игумены. Вскоре после того он должен был отправиться в Москву, его впервые увидел юный царь Алексей Михайлович. Никон понравился царю и по его желанию он был поставлен архимандритом в Новоспасский Московский монастырь. С тех пор Никон каждую неделю являлся во дворец для духовной беседы с царем. Вскоре после того Никон был поставлен в новгородские митрополиты, и еще раз обратил на себя особенное внимание государя той твердостью, которую выказал при усмирении мятежа, вспыхнувшего в Новгороде.
После смерти в 1652 году патриарха Иосифа царь пожелал возвести в патриархи Никона. Никон же исполнил желание царя только тогда, когда бояре и народ дали ему в
Успенском соборе клятвенное обещание, что будут его почитать как отца и вполне предоставлять ему устройство «церковных дел».
Как глава Русской Церкви, Никон обратил внимание на одно из великих зол древнерусской жизни: на невежество духовенства и на крайнюю небрежность, с которой издавались церковные (богослужебные) книги.
Эти книги до половины XVI века были на Руси рукописные. Многие из писцов, занимавшиеся перепиской этих книг, были люди малограмотные, и потому внесли в переписанные ими книги множество грубых ошибок. Когда в 1552 году при Иоанне IV в Москве было введено книгопечатанье, то богослужебный книги стали печатать с ошибками.
Патриарх Никон приказал тщательно исправить все ошибки и описки в церковных книгах и стал строго следить за тем, чтобы неисправленные книги не распространялись в народе.
По приказание патриарха Никона заново-исправленные богослужебные книги были отпечатаны и разосланы по всем церквам и монастырям. При этом прежние печатные и рукописные книги всюду приказано было отбирать. Но многие люди восстали против этой меры. Одни утверждали, что в богослужебных книгах «нельзя исправить ни одной буквы, потому что по этим книгам в прежнее время молились и спасались многие святые». Другие же доказывали, что новые книги не исправлены, а испорчены Никоном. Дело дошло до того, что многие священники отказались служить по новым исправленным книгам и утверждали, будто Никон хочет ввести какую-то новую виру.
Никон, как человек твердый и суровый, стал строго наказывать тех, кто отказывался употреблять при богослужении и принимать исправленные книги. Тогда многие священники, иноки и миряне, упорствуя в своем заблуждении, отделились от Православной Церкви и заявили, что будут держаться старой веры, т. е. служить и учить по тем неисправленным книгам, которые на Руси существовали до Никона. Эти последователи старой веры стали называться староверами или раскольниками, т. е. отделившимися от Церкви.
Никон решился преследовать раскольников и стал понуждать их силой к общению с Церковью. Тогда они, избегая гонений и строгих взысканий, стали во множестве уходить в лесные дебри Севера и далекие пустыни Сибири и там селиться, устраивая свои особые скиты (или тайные обители).
С тех пор, от простого недоразумения, начался в Русской Церкви раскол, который, к величайшему сожаление, послужил поводом ко многим народным бедствиям и страданиям и до сих пор еще смущает умы многих русских людей, хотя дело исправления церковных книг, выполненное Никоном, было впоследствии одобрено всеми (даже и восточными патриархами) и признано истинной и великой заслугой Никона, много потрудившегося на пользу Русской Церкви.