Собор Николая Чудотворца - старейший памятник архитектуры города Мышкин. Его славная и одновременно трагичная история позволяет также говорить о нём как об одном из самых интересных памятников местной архитектуры. Собор Николая Чудотворца старше города - он был построен в 1766 г.
Александр Петрович Березин, купец 1-ой гильдии, городской голова города Санкт-Петербурга, родился в семье крестьян в селе Еремейцево, неподалеку от Мышкина. Его отец был очень беден и был вынужден заложить в мышкинском трактире икону Святого Николая Чудотворца. Спустя более чем четверть века разбогатевший
Александр смог выкупить образ обратно и считал чудом тот факт, что родовая икона никуда не пропала за это время. В память об этом Березин построил в Мышкине на свои средства церковь. Всю жизнь он вёл активную благотворительную деятельность и построил три храма: помимо мышкинского храма ещё были возведены Вознесенская церковь в Круглицах (в настоящее время Охотино) неподалеку от Мышкина и в Петербурге.
Никольский собор был возведен в 1766-1769 г.г. как приходской храм с престолами в честь князей Бориса и Глеба и
Александра Невского. Архитектор здания неизвестен. Существует версия, что проект был подготовлен П.Я. Паньковым.
Собор построен в классическом стиле. Куб правильной формы создаёт основное пространство здания. С западной стороны к нему пристроена достаточно большая трапезная. Когда-то рядом с ней находилась достаточно внушительная колокольня. Облик здания формирует широкий световой барабан с достаточно большими округлыми окнами. Он богато декорирован лепниной и увенчан широким куполом с миниатюрной луковичной главкой. Фасады украшены дорическими пилястрами и архивольтами. Достаточно широкие окна декорированы скромными симметричными арками. Фасады основного здания с северной и южной стороны украшены колоннами с треугольным фронтонами.
В XIX в. перед храмом была возведена скромная часовенка в шатровом стиле. Средства на её возведение пожертвовали местные купцы после чудесного спасения императора
Александра III, выжившего при крушении поезда. Однако она до наших дней не дошла.
Внутренне убранство храма появилось в 1777 г. Дворовые люди помещиков Кожиных, живописец Трофим Кашинцев и резчики Королёвы создали удивительной красоты иконостас. Прекрасные и редкие иконы были частично утрачены во времена гонений на церковь.
В 1830-е г.г. после появления нового Успенского собора, собор Николая Чудотворца сильно перестроили - на южной и северной стенах появились портики с колоннами, был изменён купол. В 1860-х г.г. полностью перестроили колокольню, которая впоследствии была уничтожена.
Судьба Никольского собора, как и многих других храмов, в советское время сложилась трагично. В 1930-е г.г. здание церкви передали местным органам культуры, колокольню разобрали. В 1934 г. Никольский собор переоборудовали в учреждение культуры.
6 ноября 1934 г. здесь отпраздновали очередную годовщину Октябрьской революции. По причине спешки над сценой не успели убрать два фрагмента резьбы деревянного иконостаса.
2 мая 2003 г. собор был возвращён Русской православной церкви. Летом 2003 г. было обнаружено, что выступающая передняя часть сцены сделана из икон иконостаса. Также сохранились и две боковые панели, в одной из них на протяжении 96 лет стояла икона Спасителя «в терновом венце...».
27 марта 2004 г. в соборе нашли закладную плиту, которая была установлена 1 сентября 1835 года. С 2004 г. в Никольском соборе проходят службы.
В соборе проведены масштабные реставрационные и ремонтные работы. В 2010 г. в рамках поездки по Ярославской епархии в честь 1000-летия Ярославля его посетил Патриарх Московский
Кирилл, который пожелал Божией помощи всем, кто участвует в восстановлении собора, и передал храму в дар икону святого проповедника Ионы Киевского.